Sepaso adalah istilah dalam Bahasa Kutai yang artinya tiga perempat kaleng oleh suku Kutai, digunakan untuk mengukur atau membilang pembagian uang ataupun hasil Panen Padi, maka dengan istilah tersebut dijadikan nama sebuah Desa pada Tahun 1962, Kesultanan Kutai dijadikan Kabupaten dengan Nama Kabupaten Kutai serta dengan itu dibuatlah Desa Sepaso dengan Kecamatan Bontang.

Pada tahun 1992 terbentuk lagi Sangata menjadi Kecamatan sehingga Desa Sepaso masuk dalam Kecamatan Sangata, Namun pada Tahun 1999 berdasarkan undang-undang no 47 Tahun 1999 Sangata menjadi Kabupaten Kutai timur dan pada Tahun 2000 Bengalon Menjadi Kecamatan, sehingga desa Sepaso menjadi salah satu Desa yang masuk di Kecamatan Bengalon, dan Sebagai Pusat Pemerintahan Kecamatan Bengalon.

Desa Sepaso dulunya berpusat di Desa Sepaso Selatan saat ini sebelah kiri sungai bengalon dari arah Muara Sungai Bengalon (kiri mudik), Namun pada tahun 1990 pusat pemerintahan Desa Sepaso di pindahkan ke sebelah Utara Kanan mudik sungai Bengalon oleh bapak M. Yusuf selaku Kepala desa Sepaso pada saat itu.

Sejalan dengan Era Reformasi dan Perkembangan jumlah penduduk pada Tahun 2003 Desa Sepaso dibagi menjadi beberapa Desa Definitif dan persiapan, adapun desa Definitif yang ditetapkan Desa Muara Bengalon, Desa Sepaso Timur, Desa Sepaso Selatan, dan Desa Persiapan Sepaso Barat.

Adapun Pemimpin atau Pejabat Kepala Desa Sepaso sejak Tahun 1962 sampai dengan saat ini adalah Sebagai berikut :

• PETINGGI TUNDAK ( Periode 1962 -1966 )
• M. YUSUF ( Periode 1966 -1996 )
• NURHIDAYAH ( Periode 1996 -2003 )
• HERMANSYAH, SE ( Pelaksana Jabatan Periode 2003 - 2004 )
• ARDIANTO ( Periode 2004 - 2009 )
• SURIATI ( Periode 2009 - 2013 )
• ASDIANSYAH ( Pelaksana Jabatan - Periode 2013 - 2014 )
• ARDI AMIRUDDIN. L ( Pelaksana Jabatan - Periode 2014 - 2015 )
• HADI SUHADI ( Pelaksana Jabatan - Periode 2015 - 2016 )
• ARDI AMIRUDDIN. L ( Periode 2017 - 2023 )
• RUSLAN ( Periode 2023 - 2029 )

Demikian Sejarah terbentuknya Pemerintahan Desa Sepaso yang sekarang Beralamat di Jln. M. Yusuf, RT.004/II Desa Sepaso Kecamatan Bengalon Kabupaten Kutai Timur.